Dados por toda parte

Outros blogs já abordaram alguns aspectos dos vários “omas” que assolam a ciência. Para o bem ou para o mal, quinquilhões de dados estão sendo produzidos. As vezes a sensação é quase asfixiante – como navegar por este universo? De certa maneira, este sempre foi o alvo; afinal, a ênfase reducionista apareceu porque as ferramentas necessárias para interrogar o sistema immune holisticamente nao estavam disponíveis.  

Mas neste blog eu queria falar sobre um cara meio louco aqui em Stanford, o Atul Butte, que foi entrevistado pela revista da Faculdade de Medicina. Ele é meio professor Pardal dos dados, misturado com Steve Jobs – ele já fundou varias companhias (não me perguntem se foram para frente ou não!). Mas o que eu achei interessante é como ele usa a avalanche de dados para chegar à hipotéses que podem ser testadas em um lab como outro qualquer. A bandeira dele é que façamos uso da loucura de dados que estão sendo gerados e depositados em bancos de dados públicos e usar isto para ‘minar’ relações que seriam quase impossível fazer do zero. Por exemplo, ele e o seu grupo usaram o que eles denominaram ‘gene expression-based genome-wide association study (eGWAS)”, e pesquisaram genes envolvidos repetitivamente com diabetes tipo II em microarrays (disponíveis publicamente na maioria). Analizando 130 experimentos independentes, Atul e seu grupo encontraram CD44 como o gene mais significativamente associado com diabetes tipo II (Kodama et al, 2012). A partir disto, eles analisaram a expressão de CD44 e associação com diabetes em um modelo animal, e também em células de pacientes, encontrando que CD44 pode tem um papel funcional no desenvolvimento da diabetes.

Porém, ele não precisa ir muito longe para encontrar críticos, pois aqui mesmo em Stanford outros questionam a qualidade dos dados armazenados. O Atul responde que 1. Leve em consideração o lab que produziu os resultados – se for um lab que tem uma boa história, as chances dos dados serem confiáveis são altas. E 2. mesmo se não for um lab conhecido, os dados mais recentes estão sendo produzidos com técnicas melhores e mais confiáveis também. E eu adiciono 3. Ele não esta promovendo a aceitação cega do que já foi publicado, mas a utilização do que já está disponível para gerar um conhecimento novo que pode ser testado em experimentos controlados. Afinal, no fundo não é tão diferente da pesquisa na literatura, mas desta vez com os dados “omicos” no papel dos trabalhos.

E uma das coisas que ele falou é que nos nao estudamos suficientemente os dados que já foram coletados (e já pulamos para outro projeto)… e imagino que ele está correto, mas o problema muitas vezes é como analisar estes dados? Mas não tema, com Atul não há problema!  O homem é uma mina de novos softwares que, pelo menos por enquanto, ele está pondo no domínio público.

Assim, acho que dó para juntar os ‘omas’ e quem sabe avançar a ciência de uma maneira interessante e porque nao dizer, até mais barata!

Referência:

Expression-based genome-wide association study links the receptor CD44 in adipose tissue with type 2 diabetes.

Kodama K, Horikoshi M, Toda K, Yamada S, Hara K, Irie J, Sirota M, Morgan AA, Chen R, Ohtsu H, Maeda S, Kadowaki T, Butte AJ.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 May 1;109(18):7049-54. Epub 2012 Apr 12.

PMID: 22499789

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