Sequenciamento de alto desempenho na caracterização do repertório imunológico

As novas tecnologias de sequenciamento em larga escala (coletivamente denominadas Next-generation sequencing – NGS) desenvolvidas em diferentes plataformas, e.g., Roche, Illumina, SOLID, Helicos e PacBio, têm catalisado a maneira de se obter informações a partir das sequências de DNA e/ou RNA (cDNA) de qualquer organismo, nas mais diversas condições biológicas. Essas tecnologias NGS apresentam grande vantagem no tempo de aquisição dos dados e no custo-benefício. Na Imunologia, elas têm possibilitado novas perspectivas para o estudo da imunidade adaptativa.

Recentemente, Calis e Rosemberg (http://www.cell.com/trends/immunology/abstract/S1471-4906(14)00155-0) revisaram como essas tecnologias tem revolucionado a maneira de se obter informações sobre o repertório de receptores de antígenos de linfócitos, através do sequenciamento das cadeias de BCR e TCR. Com o advento das tecnologias NGS, aliado à uma metodologia particular na preparação de bibliotecas de DNA genômico e de transcritos, foi possível identificar em um único indivíduo, dezenas de milhares de cadeias pesadas de BCR e até 2 milhões de cadeias de TCRβ. Elas têm sido empregadas para avaliar a história imunológica de um indivíduo por meio da análise do repertório de TCR e BCR, o que possibilita comparações entre o repertório de receptores na idade jovem e durante o envelhecimento, por exemplo. Além disso, têm sido úteis para rastrear linfócitos responsivos a determinado desafio antigênico, e.g., após a vacinação contra vírus influenza ou infecção viral (HIV ou dengue). Em disfunções do sistema imune, também têm sido utilizadas para identificação e monitoramento de clones de linfócitos causadores de neoplasias linfóides e de doenças autoimunes. Uma outra aplicação é no estudo sobre o desenvolvimento de linfócitos e comprometimento de linhagem celular. O sequenciamento de TCR e BCR ainda enfrenta alguns desafios metodológicos, mas acredita-se que a sua aplicação clínica se popularizará em breve.

Library preparation from genomic DNA for antigen receptor HTS (high-throughput sequencing)1.

Referência:

1. Calis, J. J. A. & Rosenberg, B. R. Characterizing immune repertoires by high throughput sequencing: strategies and applications. Trends Immunol. 35, 581–590 (2014).

Post de Sandra Regina C. Maruyama, Pós-doc, FMRP/USP