Ser humano também é ser micróbio? (Parte I)

À esquerda, imagem de bactérias 'Staphylococcus epidermidis', em verde, feitas com microscópio eletrônico; à direita, a bactéria 'Enterococcus faecalis', que vive no aparelho digstino humano; os dois organismos são alguns dos estudados pelo projeto (Foto: AP, Fonte: G1 - http://g1.globo.com/ciencia-e-saude/noticia/2012/06/cientistas-anunciam-ter-completado-identificacao-do-microbioma-humano.html)

Colegas,

como já devem saber, foi divulgado nas últimas semanas a evolução do Projeto Microbioma Humano, uma iniciativa enorme, que contou com dezenas de grupos de pesquisas distintos, sendo o centro de tudo o NIH (Aqui).

Copiei abaixo as publicações decorrentes do projeto, para análise dos interessados. Além disso, há dois posts abaixo com cópias de comentários do The New York Times e Veja sobre o assunto, que pode ser um dos mais impactantes para a história das ciências biomédicas.

Gastei um bom tempo pensando nestes dados... cheguei a algumas inflexões:

- Tenho a percepção de que já dispúnhamos destas informações, contudo os dados não estavam sistematizados, não havia homogeneidade experimental;

- Agora chega a hora da análise.... haja trabalho! Observamos resultados mais aplicáveis (palpáveis) dos diversos Projetos Genoma só agora! 

- E a Imunologia, como fica nisso? Tenho certeza que Janeway (juntamente com os laureados no último Nobel) tinham uma boa noção na época que 'dividíamos espaço' com outros organismos, mas apostaria uma boa grana de que eles não previam a proporção desse contato... 

- Na minha opinião, estes dados reforçam - de forma muito incisiva - o importante papel dos receptores de reconhecimento padrão (PRRs). Pelo visto, estas moléculas trabalham mais do que imaginamos....  

E vocês, o que acham sobre o assunto?

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Trabalhos Científicos Publicados: 


Fonte: Welcome to the Data Analysis and Coordination Center (DACC) for the National Institutes of Health (NIH) Common Fund supported Human Microbiome Project (HMP)
http://www.hmpdacc.org/

NATURE | ARTICLE OPEN

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Structure, function and diversity of the healthy human microbiome

• The Human Microbiome Project Consortium

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A framework for human microbiome research

• The Human Microbiome Project Consortium

PLoS Collections: The Human Microbiome Project Collection (2012) www.ploscollections.org/hmp

Research Articles Top

Metabolic Reconstruction for Metagenomic Data and Its Application to the Human Microbiome

Sahar Abubucker, Nicola Segata, Johannes Goll, Alyxandria M. Schubert, Jacques Izard, Brandi L. Cantarel, Beltran Rodriguez-Mueller, Jeremy Zucker, Mathangi Thiagarajan, Bernard Henrissat, Owen White, Scott T. Kelley, Barbara Methé, Patrick D. Schloss, Dirk Gevers, Makedonka Mitreva, Curtis Huttenhower

PLoS Computational Biology:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pcbi.1002358

Diverse CRISPRs Evolving in Human Microbiomes

Mina Rho, Yu-Wei Wu, Haixu Tang, Thomas G. Doak, Yuzhen Ye

PLoS Genetics:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pgen.1002441

Inflammatory Bowel Diseases Phenotype, C. difficile and NOD2 Genotype Are Associated with Shifts in Human Ileum Associated Microbial Composition

Ellen Li, Christina M. Hamm, Ajay S. Gulati, R. Balfour Sartor, Hongyan Chen, Xiao Wu, Tianyi Zhang, F. James Rohlf, Wei Zhu, Chi Gu, Charles E. Robertson, Norman R. Pace, Edgar C. Boedeker, Noam Harpaz, Jeffrey Yuan, George M. Weinstock, Erica Sodergren, Daniel N. Frank

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0026284

Sequence Analysis of the Human Virome in Febrile and Afebrile Children

Kristine M. Wylie, Kathie A. Mihindukulasuriya, Erica Sodergren, George M. Weinstock, Gregory A. Storch

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0027735

Complex Carbohydrate Utilization by the Healthy Human Microbiome

Brandi L. Cantarel, Vincent Lombard, Bernard Henrissat

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0028742

A Case Study for Large-Scale Human Microbiome Analysis Using JCVI’s Metagenomics Reports (METAREP)

Johannes Goll, Mathangi Thiagarajan, Sahar Abubucker, Curtis Huttenhower, Shibu Yooseph, Barbara A. Methé

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0029044

Host Genes Related to Paneth Cells and Xenobiotic Metabolism Are Associated with Shifts in Human Ileum-Associated Microbial Composition

Tianyi Zhang, Robert A. DeSimone, Xiangmin Jiao, F. James Rohlf, Wei Zhu, Qing Qing Gong, Steven R. Hunt, Themistocles Dassopoulos, Rodney D. Newberry, Erica Sodergren, George Weinstock, Charles E. Robertson, Daniel N. Frank, Ellen Li

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0030044

Analyses of the Microbial Diversity across the Human Microbiome

Kelvin Li, Monika Bihan, Shibu Yooseph, Barbara A. Methé

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0032118

A Core Human Microbiome as Viewed through 16S rRNA Sequence Clusters

Susan M. Huse, Yuzhen Ye, Yanjiao Zhou, Anthony A. Fodor

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0034242

Novel Bacterial Taxa in the Human Microbiome

Kristine M. Wylie, Rebecca M. Truty, Thomas J. Sharpton, Kathie A. Mihindukulasuriya, Yanjiao Zhou, Hongyu Gao, Erica Sodergren, George M. Weinstock, Katherine S. Pollard

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0035294

Optimizing Read Mapping to Reference Genomes to Determine Composition and Species Prevalence in Microbial Communities

John Martin, Sean Sykes, Sarah Young, Karthik Kota, Ravi Sanka, Nihar Sheth, Joshua Orvis, Erica Sodergren, Zhengyuan Wang, George M. Weinstock, Makedonka Mitreva

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0036427

A Metagenomic Approach to Characterization of the Vaginal Microbiome Signature in Pregnancy

Kjersti Aagaard, Kevin Riehle, Jun Ma, Nicola Segata, Toni-Ann Mistretta, Cristian Coarfa, Sabeen Raza, Sean Rosenbaum, Ignatia Van den Veyver, Aleksandar Milosavljevic, Dirk Gevers, Curtis Huttenhower, Joseph Petrosino, James Versalovic

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0036466

Evaluation of 16S rDNA-Based Community Profiling for Human Microbiome Research

Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working Group

PLoS ONE:
Published 13 Jun 2012 | info:doi/10.1371/journal.pone.0039315

Reducing the Effects of PCR Amplification and Sequencing Artifacts on 16S rRNA-Based Studies

Patrick D. Schloss, Dirk Gevers, Sarah L. Westcott

PLoS ONE:
Published 14 Dec 2011 | info:doi/10.1371/journal.pone.0027310