terça-feira, 3 de abril de 2012

Ferramentas para elaboração e correção de manuscritos




Preparar um escrito é uma tarefa cotidiana na vida de um pesquisador. Seja para um artigo, ou para escrever um projeto, tese, etc. A tarefa é bastante agradável e empolgante no início, mas depois de várias correções e revisões pelos autores, a coisa pode se tornar complicada, principalmente em termos de citações e referências. Em outras ocasiões estamos com o paper pronto para enviar e não temos certeza para qual das revistas da área encaixaria melhor o assunto do nosso trabalho. Por fortuna existem muitos aplicativos que facilitam esse serviço, deixando tempo para o autor focar-se nas ideias e não apenas na forma. Queria partilhar aqui alguns que conheço e acho relevantes.

Zotero

Zotero é um organizador de referencias gratuito que tem evoluído muito nos últimos anos. Uma alternativa muito interessante ao Endnote, ou Reference Manager.
Os programas de processamento de texto (como Word) geralmente têm ferramentas para administrar referências e controle de alterações e correções. Porém, manter 50 ou mais citações sempre atualizadas ao longo de um manuscrito de 30 páginas que está sendo revisado por dois ou mais autores pode ser complicado. Zotero e uma extensão para o Firefox, que pode funcionar como um programa independente ou em seu próprio painel dentro do Firefox (como um dos complementos), separadamente em todas as páginas da web que estejam sendo exploradas.



A través de um clique no ícone do programa (a pastinha ao lado direito do endereço do site), é aberta uma janela que permite importar a informação de citação bibliográfica do site (ou dos arquivos nele contidos), pronta para inserir no Word usando um outro plugin. E ainda, aceita vários estilos de revistas. Existem vários tutoriais na rede.




Google acadêmico

Como não podia faltar, o Google tem desenvolvido um motor de busca especializado (geralmente sugerido logo encima quando buscamos algum assunto acadêmico no Google normal). Scholar permite pesquisar literatura acadêmica de forma simples. A diferencia do Pubmed, no Google Scholar podemos encontrar diferentes fontes além de artigos, como teses, livros, resumos e artigos de editoras acadêmicas, organizações profissionais, repositórios de pré-publicações, universidades e outras organizações acadêmicas.
Uma opção muito interessante: adicionando alguns filtros como “filetype:pdf”, podemos ainda ter aceso a artigos em texto completo, mantidos pelos próprios autores em seus arquivos pessoais. Podemos criar ainda, uma alerta de artigo, para ficar sabendo via mensagem de e-mail ou via qualquer leitor de RSS, quando um artigo novo for publicado no assunto de interesse (porém, o Pubmed também tem esta opção).
Google Acadêmico agora tem também uma ferramenta que permite avaliar o desempenho dos autores, considerando as citações de todas suas publicações.



Pubmed Central


É o Pubmed que dá livre aceso a PDF dos artigos. Contem mais de 2 milhões de papers.

Jane: (Journal Name/Authorestimator)

É um motor de busca que utiliza os dados de Medline para encontrar correspondência de assuntos, revistas, autores. E útil para quem não tem certeza de em qual jornal enviar um manuscrito, ou quem quer encontrar artigos relevantes para citar em seu trabalho. Ainda, para um editor que precisa encontrar revisores para um trabalho em particular. Basta digitar o título ou colar o resumo do manuscrito. Tutorial aqui.

Google Reader


Permite aos usuários de Gmail, organizar fontes web RSS, para acompanhar as publicações mais recentes de uma determinada revista, de um autor ou assunto de interesse.

Scirus

Scirus é um motor de busca de materiais científicos na Internet, com a vantagem de vários filtros, que permitem depurar a busca de forma sistemática.




12 comentários:

  1. Respostas
    1. Obrigado pelo comentário. Espero tenha sido de utilidade para quem não conhecia.

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  2. Oi Fred bem legal isso! Tem um programa tb q chama redcube que pode ser baixado no site da Nature! Ele é um organizador de artigos, faz buscas e tem uma coluna na lateral q mostra as referências. Eu recomendo muito esse aplicativo para quem gosta de ler artigos no pc ou não.

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    1. Concordo! eu uso o readcube e adoro

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    2. Oi Rafael, obrigado pelo comentário. O Readcube eu não conhecia, agora já estou testando ele. Eu uso o Mendeley, como visor e indexador de PDFs offline. Muitos erros do Mendeley foram ressolvidos nas ultimas versões.

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  3. O Readcube é bom, mas o problema é que a plataforma de leitura é baseada no Adobe Air - ou você gosta muito, ou odeia (eu odeio, prefiro plataformas como o Nitro Pdf). Porém testando todos os outros leitores e organizadores, o Readcube fica empatado com o Mendeley Desktop. Zotero e outros ainda deixam a desejar um pouco.

    Aliás, um dos problemas do ReadCube é que não possui aplicativo para tablets (como iPad, iPhone, Xoom, etc), porém há a disponibilidade do Mendeley.

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  4. Parabéns Fred pelo ótimo post. Aki a gente usa o Papers. A nova versao dele inclui a função de citações como no endnote. Além disso eu acho ele ótimo para leitura de artigos. Sem falar que ele sincroniza com o Papers do iPhone e vc tem sempre os artigos a mao.

    Mesmo assim, como sou filho do EndNote e ainda pouco experiente no Papers, gostaria de ouvir críticas e sugestões sobre ele..

    Vc tem experiência com ele?

    Abs..

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    1. Oi Bernardo, obrigado pelo comentario. Achei que o assunto podia ser de utilidade. O Papers e bastante bom, só tem o problema de não ser gratuito. Agora tem versão para Win também.
      O Endnote é muito bom para citações. Eu tenho usado ele bastante. Permite criar estilos quando é necessário, ou editá-los. A versão mais recente permite importar a informação dos pdfs e manter uma biblioteca, como no Mendeley. O problema com o Endnote é o fato de não ser gratuito,similar com o Papers.

      No começo eu não gostava muito do Zotero por ele não ter muitas opções de estilo de citação, más como software aberto que é, ele tem evoluído muito rápido, e agora tem muitos estilos(https://github.com/citation-style-language/styles). A grande vantagem é importar diretamente a citação desde o navegador de internet.

      Abs

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  5. Ótimo post Fred, até gostaria de sugerir aos organizadores do blog uma seção sobre bioinformática oque vcs acham?

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  6. Júlio, por favor sugira quem possa nos escrever sobre bioinformática que o convidaremos, OK?

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