Cresce continuamente o número de publicações utilizando ferramentas que permitem o estudo de expressão gênica em larga escala, como os microarrays, a fim de investigar os mais diversos fenômenos imunológicos, desde a busca por biomarcadores de doenças autoimunes (assinatura-molecular-do-linfocito) até os efeitos provocados pelo espaço sideral e microgravidade (imunossupressao-espacial). Esse tipo de ferramenta, que permite até investigar o perfil de expressão do genoma completo de uma só vez, trouxe um desafio: como extrair informação biológica relevante de conjuntos de dados tão densos?
Os fabricantes de microarrays têm trabalhado no desenvolvimento de plataformas para realização de experimentos e análises de resultados para facilitar esta tarefa, integrando assim à ferramenta um método de análise otimizado (entenda-se aí muita bioinformática e bioestatística). Nessa onda, vieram empresas que desenvolveram softwares de análises de enriquecimento funcional, isto é, uma vez que você tenha passado pela etapa de análises estatísticas, submete sua lista de genes, cujos valores de modulação de expressão se mostraram significativos, para análises que predirão à que fenômenos aqueles genes estão relacionados. Frequentemente, a análise destes softwares inclui mordomias como construir redes gênicas em que cada gene é relacionado a outro pelo tipo de interação entre eles, é representado por uma forma geométrica segundo a função da proteína que expressa e são coloridos de acordo com o seu nível de expressão. E mais, clicando sobre o gene você é direcionado às publicações que permitiram gerar toda essa rede de informação. Uma verdadeira maravilha! Imagine se fosse preciso fazer isso manualmente em uma lista contendo centenas ou milhares de genes.
Se a propaganda o convenceu e você já está disposto a adquirir tanta inovação, saiba que o preço de tudo isso ainda não é dos mais convidativos. Não critico, pois o trabalho para desenvolvimento e manutenção dessas ferramentas é árduo e, além disso, requer que os bancos de dados sejam constantemente atualizados, um trabalho curado manualmente a partir das publicações científicas. Mas enfim, o custo muitas vezes restringe o acesso à tecnologia.
A boa notícia, é que sempre surgem alternativas. O grupo do Prof. Ron Shamir, da Universidade de Tel Aviv, Israel, vem desenvolvendo a plataforma de softwares integrados EXPANDER. Ela pode ainda não ter as completas mordomias dos softwares pagos, mas se esforça para integrar em um só lugar preciosas ferramentas para análises complexas de expressão gênica, desde os primeiros filtros estatísticos e análises de agrupamento até as etapas posteriores de enriquecimento funcional e redes de interação. Essa plataforma de softwares, que você pode instalar gratuitamente em seu computador para fins acadêmicos, já está na sua quinta versão e promete melhorias e aperfeiçoamento contínuos. O endereço http://acgt.cs.tau.ac.il/expander/ dá acesso à página principal da plataforma, onde é possível inclusive, no item news and notes, conhecer em detalhes suas ferramentas e instruções de uso por meio do artigo publicado em janeiro na revista Nature Protocols, o que já confere muita confiabilidade ao sistema.
Num panorama mundial onde a disponibilidade e investimento de recursos desequilibram a rapidez e qualidade do trabalho científico, esta aí uma boa maneira (e iniciativa) para começar a reverter a situação.
Os fabricantes de microarrays têm trabalhado no desenvolvimento de plataformas para realização de experimentos e análises de resultados para facilitar esta tarefa, integrando assim à ferramenta um método de análise otimizado (entenda-se aí muita bioinformática e bioestatística). Nessa onda, vieram empresas que desenvolveram softwares de análises de enriquecimento funcional, isto é, uma vez que você tenha passado pela etapa de análises estatísticas, submete sua lista de genes, cujos valores de modulação de expressão se mostraram significativos, para análises que predirão à que fenômenos aqueles genes estão relacionados. Frequentemente, a análise destes softwares inclui mordomias como construir redes gênicas em que cada gene é relacionado a outro pelo tipo de interação entre eles, é representado por uma forma geométrica segundo a função da proteína que expressa e são coloridos de acordo com o seu nível de expressão. E mais, clicando sobre o gene você é direcionado às publicações que permitiram gerar toda essa rede de informação. Uma verdadeira maravilha! Imagine se fosse preciso fazer isso manualmente em uma lista contendo centenas ou milhares de genes.
Se a propaganda o convenceu e você já está disposto a adquirir tanta inovação, saiba que o preço de tudo isso ainda não é dos mais convidativos. Não critico, pois o trabalho para desenvolvimento e manutenção dessas ferramentas é árduo e, além disso, requer que os bancos de dados sejam constantemente atualizados, um trabalho curado manualmente a partir das publicações científicas. Mas enfim, o custo muitas vezes restringe o acesso à tecnologia.
A boa notícia, é que sempre surgem alternativas. O grupo do Prof. Ron Shamir, da Universidade de Tel Aviv, Israel, vem desenvolvendo a plataforma de softwares integrados EXPANDER. Ela pode ainda não ter as completas mordomias dos softwares pagos, mas se esforça para integrar em um só lugar preciosas ferramentas para análises complexas de expressão gênica, desde os primeiros filtros estatísticos e análises de agrupamento até as etapas posteriores de enriquecimento funcional e redes de interação. Essa plataforma de softwares, que você pode instalar gratuitamente em seu computador para fins acadêmicos, já está na sua quinta versão e promete melhorias e aperfeiçoamento contínuos. O endereço http://acgt.cs.tau.ac.il/expander/ dá acesso à página principal da plataforma, onde é possível inclusive, no item news and notes, conhecer em detalhes suas ferramentas e instruções de uso por meio do artigo publicado em janeiro na revista Nature Protocols, o que já confere muita confiabilidade ao sistema.
Num panorama mundial onde a disponibilidade e investimento de recursos desequilibram a rapidez e qualidade do trabalho científico, esta aí uma boa maneira (e iniciativa) para começar a reverter a situação.
Rodrigo Ferracine Rodrigues – PG Imunologia, FMRP-USP.
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